第一，法律规范缺失，合法形式与非法形式并存，不利于监管。如上所述，私募基金在我国处于虽无明确的法律定位，却在证券市场一直实际存在的尴尬境地。现在，我国私募基金的组织形态多为信托型契约式，其表现形式众多，主要包括券商集合资产管理计划、信托公司集合资金信托计划，还有一些管理自有资金的投资公司以及没有明确法律身份的民间君子协议型私募基金。[7]其中，前三种私募基金具有合法地位，而民间君子协议型私募基金常常以委托理财形式为投资者提供集合理财服务，其业务的合法性不明确，投资人与管理人双方都面临相应的法律问题，却难以借助法律手段来解决，实务中产生的问题繁多。
第二，经营操作失控，易于成为违规资金入市渠道，特别是非法私募基金容易与上市公司结成利益共同体，其隐秘性极强，内幕交易及操纵股价的现象屡发，从而引发市场风险及信任危机。
第三，操作风格与公募基金同质化，效率低下且业绩不振，收费偏高，其收益率并不显著优于公募基金；申购赎回的频率较高，破坏私募基金的相对封闭性，难以构筑长期稳定的资产运行环境。因此，在我国私募基金的实际运作中，激励机制相对合理、投资限制较少、操作灵活等私募基金应有的制度优势未能得到充分施展。同时，许多私募基金通过网站公告的方式进行募集活动，有悖于私募基金不得公开进行招募活动的限制。
